Der Vorstand besteht laut Satzung aus Vertretern aller Überwachungsbereiche.

Aus ihrer Mitte wählen sie den Vorsitzenden und Stellvertreter, der nach jeder Wahlperiode aus einem anderen Überwachungsbereich kommen soll.

Aktuell wird der BAYBÜV durch einen kommissarischen Vorstand geleitet, der sich seit der Verschmelzung mit dem Verein zur Überwachung der Verfüllung von Gruben, Brüchen und Tagebauen aus den Vorständen beider Vereine zusammensetzt. Ein satzungsgemäßer Vorstand wird in der ersten Mitgliederversammlung 2022 gewählt.